Protestants juk (1648-1795) / katholiek reveil vanaf 1795

Bij de vrede van Munster in 1648 kwam Brabant onder bestuur van De Nederlanden. Dat hield in dat Brabant als generaliteits-land geen recht had op vrijheid van godsdienst. De pastorie en de kerk kwamen in handen van de protestanten. De roomsen weken bij hun gebedsdiensten uit naar schuilkerken. Zo stond er een kerkschuur op de plaats van het huidige Muziekhofje. Of men week uit naar de Kraayenhut.

Toch is de onderdrukking zeer mild geweest. Het aantal protestanten was zeer gering en blijkbaar durfde men de openlijke confrontatie met de katholieken niet aan. Uit de bewaard gebleven doop-, trouw- en dodenboeken vanaf 1665 blijkt dat men toch enige vrijheid bezat. Zo werd in 1688 de broederschap van de H. Rozenkrans toegestaan en de Mariaverering bleef steeds heel groot. Zo werd St. Willibrord in het gemeentewapen van Bakel afgebeeld met een rozenkrans in zijn rechterhand en bleven de kruisen langs de weg intact.
Uit de protestantse tijd zijn veel namen van pastoors en kapelaans bekend, zelfs met vermelding van geboorte- en studieplaats, dus er heerste toch een bepaalde soepelheid.

Anderzijds zijn er ook voorbeelden van onverdraagzaamheid zoals het sluiten van de schuurkerk voor een half jaar en een boete van 3600 gulden voor de parochie vanwege het thuis toedienen van de sacramenten. Er vonden wederzijds vele pesterijen plaats zoals het tijdelijk sluiten van de schuurkerk, het aanvankelijk verbieden van een orgel aldaar, het incidenteel verbod van processies, het verontreinigen van de St.Willibrordusput door er een kat in te gooien. Maar ook de katholieken lieten zich niet onbetuigd. Zo werden de katholieke doden vaak op zondag tijdens de dienst van de protestanten begraven onder luid klokgelui. En toen de Fransen ons land binnenvielen zowel in 1672 als in 1795 lieten de katholieken duidelijk merken aan de protestanten dat ze maar beter konden ophoepelen.
Door een brand in 1708 ging een groot deel van het kerkelijk archief verloren en de klokken moesten opnieuw worden gegoten door Jozef en Jean Petit.
Op 4 mei 1809 gaf Lodewijk Napoleon de kerk weer terug aan de rooms-katholieken. De protestanten gingen voortaan naar de kerk in Deurne. Ze mochten hun doden niet meer in de kerk van Bakel begraven. Dat hadden de rijke protestanten eerst wel gedaan. De vloer werd nu helemaal opengebroken en de grafzerken werden naar Deurne gebracht of naar een afgebakend terrein bij St.Jozefsheil.

De kerk verkeerde na de Franse tijd in zeer slechte staat. De toren was er slecht aan toe, er waren reparaties nodig aan de zitbanken, muren en het dak. De vloer moest na het verwijderen van de graven worden hersteld. De katholieken weigerden aanvankelijk om de kerk weer te gaan gebruiken zonder schadevergoeding. Men heeft zelfs gedacht om de kerk af te breken. Maar dat werd door de burgemeester afgekeurd. Er werd een bijdrage van de gemeente gevraagd en zo werd de kerk provisorisch wat opgeknapt zodat de kerk pas in 1818 weer in gebruik genomen werd.
Maar het bleef nog lang kommer en kwel, omdat de geldmiddelen ontbraken. En als er reparaties aan de kerk werden verricht, dan was dat erg slordig en provisorisch. Alleen het kerkhof werd definitief ommuurd.